Fue la primera iglesia importante construida por los indígenas en el lado poniente de la Plaza de Armas, bajo la dirección de los frailes franciscanos que habitaban en el convento.
Posteriormente se le llamó Iglesia de Guadalupe, posiblemente debido a la formación del Patronato de la Virgen de Santa María de Guadalupe en el año de 1737.
Para finales del siglo XVII se le conocía como la iglesia vieja, y a mediados del siglo XIX se le dio el nombre que lleva hasta la actualidad.